روزنامه کیهان به‌طور سنتی بازتاب دهنده نظرات بیت رهبر جمهوری اسلامی شناخته می‌شود. در پی انتقاد تند این روزنامه به اظهارات علی شمخانی مبنی بر امکان مذاکره مستقیم با آمریکا، او در تماس با کیهان از مواضع خود عقب‌نشینی کرد و حرف خود را پس گرفت.
او در توییتی به‌طور تلویحی از مذاکره مستقیم با آمریکا استقبال کرده و نوشته بود: «تاکنون ارتباط با هیئت آمریکایی حاضر در وین با مبادله نوشتار غیررسمی انجام شده و نیازی به بیش از این نیز نبوده و نخواهد بود. این روش ارتباطی تنها زمانی با روش‌های دیگر جایگزین می‌شود که توافق خوب در دسترس باشد.»
پیش از او نیز، حسین امیرعبداللهیان، وزیر خارجه جمهوری اسلامی در رابطه با مذاکره مستقیم با آمریکا گفته بود: «اگر در روند مذاکرات به مرحله‌ای برسیم که رسیدن به یک توافق خوب با تضمین بالا لازمه‌اش این باشد که سطحی از گفت‌وگوها را با آمریکایی‌ها داشته باشیم، این را نادیده نخواهیم گرفت.»
پس از این اظهار نظرها، حسین شریعتمداری، مدیر مسئول روزنامه کیهان در مطلبی به انتقاد از اظهار نظر این دو نفر پرداخت و نوشت: «اکنون این پرسش از آقایان امیرعبداللهیان و شمخانی در میان است که چرا و با کدام تحلیل منطقی و قابل قبول از احتمال مذاکره مستقیم با آمریکا سخن می‌گویید؟ و کدام بخش از صورت مسئله نامشخص است که روشن شدن آن به مذاکره، آن هم مذاکره مستقیم با آمریکا نیاز دارد؟»
اما حالا، دریابان علی شمخانی که سمت دبیری شورای عالی امنیت ملی را نیز برعهده دارد، به انتقادات کیهان پاسخ داده و خود را موظف دانسته تا طی تماسی با این روزنامه، مواضع خود را تشریح کند و مدیر مسئول کیهان را نسبت به عقب‌نشینی خود از مواضع قبلی اقناع کند. اقدامی که در مورد سایر رسانه‌ها تا به حال صورت نپذیرفته است.
دبیر شورای امنیت ملی و وزیر خارجه را رئیس جمهور تعیین می‌کند. از این رو انتقاد از این دو نفر به‌طور غیرمستقیم انتقاد از خود دولت و شخص رئیس‌جمهور است.
ریاست شورای عالی امنیت ملی را رئیس جمهوری ایران بر عهد دارد و اعضای آن عبارتند از: روسای قوای سه‌گانه، رئیس ستاد فرماندهی کل نیروهای مسلح، مسئول امور برنامه و بودجه، دو نماینده به انتخاب مقام رهبری، وزرای امور خارجه، کشور و اطلاعات، وزیر مربوط به موضوع مورد بحث و عالی‌ترین مقامات ارتش و سپاه.
اصل ۱۷۶ قانون اساسی، در باب وظایف شورای امنیت ملی چنین می‌گوید: «به منظور تامین منافع ملی و پاسداری از انقلاب اسلامی و تمامیت ارضی و حاکمیت ملی، شورای عالی امنیت ملی به ریاست رئیس‌جمهور(ی)، با وظایف زیر تشکیل می‌شود:۱- تعیین سیاست‌های دفاعی-امنیتی کشور در محدوده سیاست‌های کلی تعیین‌شده از طرف مقام رهبری ۲- هماهنگ نمودن فعالیت‌های سیاسی، اطلاعاتی، اجتماعی، فرهنگی و اقتصادی در ارتباط با تدابیر کلی دفاعی-امنیتی ۳- بهره‌گیری از امکانات مادی و معنوی کشور برای مقابله با تهدیدهای داخلی و خارجی»
با این حال قانون اساسی جمهوری اسلامی مسئولیت تعیین سیاست های کلان کشور و خصوصا سیاست خارجی را برعهده رهبر نظام گذاشته است. مضاف بر این، قدرت رهبر طی دوران زعامت علی خامنه ای افزایش هم یافته است.
در این شرایط به نظر می‌رسد کما فی السابق، رهبر جمهوری اسلامی برخی از انتقادات و نظراتش را به‌طور غیرمستقیم از تریبون رسانه متبوعش مطرح می‌کند. موضوعی که بار دیگر نشان می‌دهد که چرا کیهان از نظر تحلیلگران سیاست داخلی ایران بازتاب دهنده نظرات رهبر جمهوری اسلامی تلقی می‌شود و از مصونیت قضایی برخوردار است.