واکنش‌های مقامات جمهوری اسلامی نسبت به ترور محسن فخری‌زاده انباشته از تناقض‌گویی و تحلیل‌‌های دور از ذهن بود و به طور کلی تصویری ضعیف، سرگردان و گیج از "نظام" ارائه کرد. هوشنگ امیراحمدی استاد دانشگاه ایالتی نیوجرسی – دانشگاه راتگرز – معقد است که دلیل اصلی این "گیجی"، احتمال وجود ستون پنجم در داخل کشور است. طبق نظریۀ هوشنگ امیراحمدی، این ستون پنجم را باید در جریان‌های مخالف سپاه و در میان کسانی جستجو کرد که خواهان پایان دادن به تندروی و "جریان انقلابی" هستند...
هوشنگ امیراحمدی در آغاز گفتگو با رادیو بین‌المللی فرانسه گوشزد می‌کند که آیت‌الله خامنه‌ای در پیام خود در بارۀ کشته شدن محسن فخری‌زاده از واژۀ "مجازات" استفاده کرد و نه "انتقام"...
در پیام خامنه‌ای آمده است: "دو موضوع مهم را همه دست‌اندرکاران باید به جِدّ در دستور کار قرار دهند: نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه بخش هایی که وی بدانها اشتغال داشت"...
هوشنگ امیراحمدی معتقد است که واژۀ "مجازات" ناظر بر عاملان داخلی است، و اگر فقط پای اسرائیل و آمریکا در میان می‌بود، خامنه‌ای به شکل دیگری سخن می‌گفت...
به عقیدۀ هوشنگ امیراحمدی، در ترور فخری‌زاده، به احتمال زیاد عوامل داخلی با قدرت‌های خارجی همکاری داشته‌اند. از نظر او قدرت‌های خارجی یعنی "آمریکا اسرائیل و "عرب‌ها"... اما در داخل کشور، طبیعی است که سوءظن‌ها متوجه دستگاه‌های اطلاعاتی شود: خواه وزارت اطلاعات، خواه اطلاعات سپاه.
هوشنگ امیراحمدی گوشزد می‌کند که رهبران همۀ این دستگاه‌های اطلاعاتی روحانی‌اند. او سپس سؤال می‌کند که کشتن فخری‌زاده به سود چه کسانی است؟ و خود پاسخ می‌دهد که به غیر از اسرائیل یا آمریکا، کسانی نیز در داخل کشور از این واقعه سود می‌برند.
هوشنگ امیراحمدی کشته شدن فخری‌زاده را با قتل قاسم سلیمانی مقایسه می‌کند و می‌گوید: "نیروهایی که به نظر من روحانیون در رأس آنها هستند، برنامه دارند تا نیروهای نظامی، سپاهی و انقلابی را نابود یا حداقل تضعیف کنند، تا بتوانند جریان انقلابی را بعد از چهل و یکی دو سال جمع کنند"...
به گفتۀ امیراحمدی این بخش از" نیروی آخوندی و نزدیکان‌شان دیگر به انقلاب نیاز ندارند. آنها پول دارند و می‌خواهند زندگی کنند. آنها فقط می‌خواهند پول‌ها و قدرت‌شان را حفظ کنند"... او اعتقاد دارد که این نیروها در سال ۱۳٨٨ نیز "پشت سر جنبش سبز" قرار گرفته بودند تا مقاصد خود را پیش ببرند.
هوشنگ امیراحمدی با اشاره به تغییر دولت در آمریکا احتمال دیگری را نیز مطرح می‌کند: "آن نیرویی که خواسته فخری‌زاده را بکشد، شاید فکر کرده که اگر او را از میان بردارد، مسئلۀ هسته‌ای و موشکی را پنجاه‌درصد حل می‌کند".